จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์น่าเชื่อว่าเมืองจันทบุรีมีอายุไม่ต่ำกว่า 1,000 ปี และเป็น เมืองที่ขอมสร้างขึ้นในระยะเวลาใกล้เคียงเมืองพิมาย เพชรบูรณ์ และ ลพบุรี เพื่อเป็นจุดเผยแพร่ วัฒนธรรมของขอม ไปสู่อาณาจักร ทวาราวดี (ศูนย์กลาง คือ บริเวณนครปฐมปัจจุบัน) หัวเมืองเดิมตามศิลาจารึกเรียกว่า ควนคราบุรี ชาวบ้าน เรียกว่า เมืองนางกาไว ตามชื่อผู้ครองเมือง ตั้งอยู่หน้าเขาสระบาป ปัจจุบันเหลือแต่ซากตัวเมืองและซากกำแพงเมือง พอให้เห็นเค้าอยู่ ชาวพื้นเมืองดั้ง เดิมเป็นพวกชอง มีภาษาพูดของตนเองแตกต่างจากภาษาไทยและภาษาเขมร ต่อมาเมื่อไทยตั้งอาณาจักรสุโขทัย ขอมเสื่อมอำนาจลง จนในที่สุดก็ต้องเสีย เมือง แถบ ชายฝั่งตะวันออกให้แก่ไทยในสมัยพ่อขุนรามคำแหง จันทบุรีจึงกลาย เป็นเมืองประเทศราชของไทย

ครั้นถึงสมัยกรุงศรีอยุธยา พระราเมศวรตีเมืองเชียงใหม่ได้ และได้นำเชลย ลงมาไว้ยังจันทบุรี นครศรีธรรมราช และสงขลา จึงทำให้วัฒนธรรมของจันทบุรี คล้ายคลึงกับไทยลานนาบ้าง ตัวอย่างเช่น ประเพณีการแต่งงาน จะมีพิธีผูกข้อมือ ทำขวัญคู่บ่าวสาว และยังมีหมู่บ้านเป็นหลักฐาน เรียกว่า บ้านลาว เป็นต้น ในสมัย อยุธยา ได้มีการย้ายเมืองจันทบุรีมาอยู่บริเวณแม่น้ำจันทบุรี เพื่อสะดวกในการ คมนาคมติดต่อค้าขาย

ในด้านการสงคราม เป็นที่ทราบกันดีอยู่แล้วว่า ไทยเรามีศัตรูสำคัญ คือ พม่า ดังนั้น เราจะพบว่า กรุงศรีอยุธยาทำสงครามกับพม่าบ่อยครั้ง และคราวใดถ้าไทยแพ้พม่ากัมพูชาก็จะคอยซ้ำเติมอยู่เสมอ คือ จะคอยกวาดต้อนผู้คน แถบเมืองจันทบุรีไปยังเขมร ซึ่งก่อความแค้นให้แก่สมเด็จพระนเรศวรมหาราชเป็นอย่างมาก จึงทรงยกทัพไปตีเขมรแตก และเขมรได้กลายเป็นเมืองขึ้นของไทย จันทบุรีจึงได้อยู่อย่างสงบต่อมา จนถึงปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา ไทยทำสงครามกับพม่าอีก และไทยเสียเปรียบพม่าอย่างมากทั้งกำลังทหาร และกำลังใจของประชาชน ทั้งนี้ เนื่องจากความวุ่นวายในราชสำนัก

ระหว่างการทำสงครามกับพม่านั้น จันทบุรีมีส่วนเกี่ยวข้องที่สำคัญ คือ ประการแรก กรมหมื่นเทพพิพิธ ซึ่งเป็นโอรสที่เกิดจากพระสนม ของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ได้หนีมาอยู่เมืองจันทบุรี หลังจากคิด กบฏ เพื่อชิงราชบัลลังก์คืนให้แก่เจ้าฟ้าอุทุมพร แต่ไม่สำเร็จจึง ได้ถูกควบคุมตัวมาไว้ที่จันทบุรี เมื่อพม่าล้อมกรุงศรีอยุธยา พ.ศ. 2310 ท่านได้แต่งกองโจรโดยเกณฑ์ชาวเมืองจันทบุรีไปคอยดักซุ่มโจมตีทัพพม่า อยู่เสมอ แต่เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชสามารถขับไล่พม่าออกไป ได้แล้ว ก็ได้ปราบปรามชุมชนต่าง ๆ รวมทั้งชุมชนเจ้าพิมายด้วย ประการที่สอง คือ สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้ตีแหวกวงล้อม พมาหนีมาจากกรุงศรีอยุธา ทรงเลือกเอาจันทบุรีเป็นชัยภูมิตั้ง ค่ายซ่องสุม กำลังไพร่พลและได้นำกองทหารจาก จันทบุรี ไปรบกับพม่า กอบกู้เอกราชคืนมาได้

ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น (รัชกาลที่ 3) ได้มีการขยายเมืองจันทบุรี จากบ้านลุ่ม ไปอยู่บริเวณค่ายเนินวง บริเวณวัดโยธานิมิตร เพื่อเตรียม การ ป้องกันทัพญวน ที่จะยกเข้ามาตีจากทะเล เมืองใหม่มีลักษณะ เป็นเมืองป้อมปราการ มีกำแพงล้อม รอบ แต่ประชาชนย้ายตามขึ้นมาน้อย ส่วนใหญ่ยังคงอยู่บริเวณบ้านลุ่มเพราะอยู่ติดแม่น้ำ สะดวก แก่การ คมนาคมติดต่อค้าขาย ดังนั้น สมัยรัชกาลที่ 4 จึงได้ย้ายเมืองกลับมายัง เมื่องเก่าดั่งเดิม

ในสมัยรัชกาลที่ 5 (พ.ศ. 2436) ไทยเราได้มีกรณีพิพาทกับฝรั่งเศส เนื่องจากฝรั่ง เศส ต้องการเขมรส่วนนอก อันได้แก่ พระตะบอง เสียมราฐ และศรีโสภณ ซึ่งเป็นของไทย จึงได้เข้ายึดจันทบุรีเป็นประกัน กว่าจะเจรจรขอจันทบุรีคืน จากฝรั่งเศสได้สำเร็จ ฝรั่งเศสก็ได้ยึดจันทบุรีไว้เป็นเวลานานถึง 11 ปีเศษ มีหลักฐานการ ยึดครองของฝรั่งเศสเหลือให้เห็นอยู่จนทุกวันนี้ เช่น คุกขี้ไก่ ตึกแดง โบสถ์คริสต์ เป็นต้น

ในด้านการปกครองของจันทบุรี นั้น ก่อนวันที่ 1 เมษายน 2435 จันทุบรีก็มีการปก ครอง เหมือนกับหัวเมืองต่าง ๆ โดยทั่วไป คือ มีเจ้าเมืองปกครองเป็นอิสระ แต่เมื่อสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ดำรงตำแหน่งเสนา บดี กระทรวงมหาดไทย มีอำนาจปกครองครอบคุมพื้นที่กว้างขวางกว่าแต่ก่อน ทรงริเริ่มให้มี การรวมอำนาจไปไว้ศูนย์กลาง จึงได้จัดการปกครองแบบมณฑลขึ้น โดยส่งข้าราชการจากส่วนกลางไปเป็นผู้บังคับบัญชาให้ขึ้นกับส่วนกลาง จันทบุรีก็รวมอยู่ในมณฑลหนึ่ง เรียกว่ามณฑลบูรพาหรือมณฑลเขมร

ต่อมาในปี พ.ศ. 2437 ได้มีการปรับปรุงการปกครอง แบบมณฑลเป็นแบบมณฑล เทศาภิบาล เพราะต้องการริดรอน อำนาจ ของเจ้าเมืองอย่างเด็ดขาด แต่การดำเนินการมิได้ทำพร้อมกัน ทั่วพระราชอาณาจักร ได้เริ่มทำเมื่อ พ.ศ. 2437 และสำเร็จในปี พ.ศ. 2485 เฉพาะมณฑลจันทบุรี นั้น ได้จัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2449 พร้อม กับมณฑลปัตตานี

ในปี พ.ศ. 2476 ได้มีการจัดระเบียบบริหารส่วนภูมิภาค เป็นจังหวัดและอำเภอ จึงได้มีการยกเลิกการปกครองแบบมณฑลเสีย เพราะต้องการจะให้อำนาจแก่ส่วนภูมิภาคมากขึ้น

ดังนั้น ในปัจจุบัน จันทบุรีจึงมีฐานะเป็นจังหวัดหนึ่งของประเทศไทย